Эксπир
Регистрация / Вход

Разработка научно-технических основ использования суперкомпьютеров для сверхмасштабируемых вычислений в задачах компьютерного дизайна лекарственных препаратов.

Шифр лота
2013-1.4-14-514-0029
Количество поданных заявок
8
Статус лота
Конкурс завершен
Способ размещения заказа
Информация отсутствует
Дата вскрытия
01.02.2013
Продолжительность работ
2013, 8 мес.
Бюджетные средства
30 млн
Внебюджетные средства
30 млн

Разработка научно-технического задела в области создания новых алгоритмов сверхмасштабируемых вычислений и программная реализация суперкомпьютерного моделирования для радикального повышения эффективности рациональной разработки новых лекарственных препаратов (в том числе лекарственных препаратов на основе рекомбинантных белков) - [бессеточного прямого докинга для разработки новых ингибиторов для заданных белков-мишеней; численной реализации энтропийного вклада в свободную энергию связывания белок-лиганд для исследования доступного фазового пространства при связывании лигандов с белками-мишенями; численной реализации континуальных моделей растворителя с помощью метода ТТ-разложения для операций с матрицами больших размеров; моделирования конформационно-зависимых свойств биополимеров для рационального дизайна биокатализаторов; моделирования аллостерической регуляции мишеней низкомолекулярными соединениями]
[…]
[…]
(формулируется участником размещения заказа применительно к заявляемой области исследований. Перечень целей, планируемых к достижению в рамках НИР, может быть дополнен участником размещения заказа применительно к заявляемой области исследований).

 Все лоты данного конкурса (3)

Тема
Анализ принципов построения информационных систем для автоматического обнаружения логических ошибок и шаблонов неэффективного поведения в параллельных приложениях и их реализация в web-среде в виде программного комплекса.
Продолжительность работ
2013, 8 мес.
Бюджетные средства
24 млн
Количество заявок
12
Тема
Разработка научно-технических основ для создания в средах облачных вычислений информационно-аналитических систем управления интеллектуальным транспортом
Продолжительность работ
2013, 8 мес.
Бюджетные средства
40 млн
Количество заявок
21
Тема
Разработка технологии и архитектуры аппаратно-программных средств сверхвысокоскоростных беспроводных сетей в миллиметровом диапазоне радиоволн 60-100 ГГц
Продолжительность работ
2013, 8 мес.
Бюджетные средства
20 млн
Количество заявок
6

Заявки

Тема
Алгоритмы и программа бессеточного прямого докинга на основе ТТ-разложений
Цель
1 Разработка научно-технического задела в области создания новых алгоритмов сверхмасштабируемых вычислений и программная реализация суперкомпьютерного моделирования для радикального повышения эффективности рациональной разработки новых лекарственных препаратов (в том числе лекарственных препаратов на основе рекомбинантных белков) – создание алгоритмов и соответствующей параллельной программы бессеточного прямого докинга на основе ТТ-разложений для операций с матрицами больших размеров для разработки новых ингибиторов для заданных белков мишеней.
2 Реализовать докинг с использованием алгоритма поиска максимума для многомерных массивов, хранящихся в ТТ-формате.
3 В разрабатываемой программе докинга выполнить моделирование связывания белка-мишени с лигандами с учетом всех межатомных взаимодействий, описываемых выбранным силовым полем, и учесть энтропийный вклад в свободную энергию связывания белок-лиганд.
Исполнитель
ИВМ РАН
Статус
Победитель
Номер заявки
Заявка №2013-1.4-14-514-0029-018
Тема
Суперкомпьютерная технология разработки прототипов нового класса лекарств, модулирующих работу клеточных рецепторов путем воздействия на их трансмембранные домены
Цель
Разработка научно-технического задела в области создания новых алгоритмов сверхмасштабируемых вычислений и программная реализация суперкомпьютерного моделирования для радикального повышения эффективности рациональной разработки новых лекарственных препаратов (в том числе лекарственных препаратов на основе рекомбинантных белков) – разработка и реализация нового вычислительного подхода к предсказанию пространственной структуры димеров трансмембранных альфа-спиралей (ТМС) белков, создание эффективной процедуры оценки свободной энергии ассоциации ТМС в гидратированных липидных бислоях на основании расчетов молекулярной динамики (МД) указанных надмолекулярных систем в полноатомном приближении. Оптимизация протоколов расчета на системах с большим числом процессоров. Проведение широкомасштабных исследований конформационного фазового пространства изучаемых систем белок-мембрана с помощью многоуровневого подхода, сочетающего применение моделей биомембран разного уровня сложности – неявно заданных, «крупнозернистых» (coarse-grained), полноатомных. Оценка роли состава липидного бислоя: расчет вкладов взаимодействий белок-белок, белок-липид, белок-вода в свободную энергию ассоциации ТМС. Декомпозиция свободной энергии по отдельным аминокислотным остаткам: оценка их роли в процессе ассоциации, предложение вариантов точечных мутаций для направленного изменения активности и склонности исследуемых систем к димеризации. Тестирование процедуры оценки свободной энергии и ее декомпозиции в расчетах экспериментально исследованных систем – димера ТМС гликофорина А и его мутантных аналогов, а также метаботропных глутаматных рецепторов. В результате выполнения проекта будет создана вычислительная технология мультимасштабного молекулярного моделирования структуры и динамики интегральных мембранных рецепторов, находящихся в липидных мембранах – т.е. в окружении, максимально близком по физико-химическим свойствам к условиям в клетке. Полученные результаты будут использованы для рационального компьютерного конструирования нового класса биологически активных соединений – прототипов лекарств, - способных модулировать работу трансмембранных рецепторов сигнальных систем организма.
Исполнитель
МФТИ
Руководитель работ
Клабуков Илья Дмитриевич
Статус
Победитель
Номер заявки
Заявка №2013-1.4-14-514-0029-008

  Другие заявки (6)

Программа

Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы"

Программное мероприятие

1.4 Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований и создание научно-технического задела по перспективным технологиям в области информационно-телекоммуникационных систем
Продолжительность работ
2013, 7 мес.
Бюджетные средства
6 млн
Организация
ИВМ РАН
профинансировано
Тема
Разработка прототипов рекомбинантных онколитических препаратов нового поколения на основе вирусов.
Продолжительность работ
2013, 8 мес.
Бюджетные средства
30 млн
Количество заявок
6
Тема
Исследование возможности реализации потенциала суперкомпьютеров для масштабируемого численного моделирования задач газо- и гидродинамики в индустриальных приложениях.
Продолжительность работ
2013, 8 мес.
Бюджетные средства
40 млн
Количество заявок
25
Тема
Разработка методики проведения на суперкомпьютерах сверхмасштабируемых вычислений в задаче многоуровневого моделирования процессов деформирования и разрушения полимерных нанокомпозитов с целью создания новых конструкционных материалов с повышенными жесткостью и вязкостью разрушения.
Продолжительность работ
2013, 8 мес.
Бюджетные средства
40 млн
Количество заявок
9
Тема
Численное исследование нестационарных отрывных турбулентных течений и генерируемых ими акустических полей для нужд авиационной промышленности.
Продолжительность работ
2013, 8 мес.
Бюджетные средства
40 млн
Количество заявок
3
Тема
Разработка экспериментальных методов скрининга лигандов к белкам – мишеням лекарственных препаратов.
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
3 млн
Количество заявок
5