Эксπир
Регистрация / Вход

«Структурная и эволюционная геномика животных и вирусов – объектов сельскохозяйственного и медико-ветеринарного значения»

В результате выполнения каждой работы должен быть создан необходимый научно-технический задел, обеспечивающий переход к проведению опытно-конструкторских работ с целью последующей коммерциализации

Этапы проекта

1
25.06.2007 - 20.11.2007
1. Впервые с помощью полимеразной цепной реакции со случайными праймерами (RAPD-PCR) на примере 10 видов дигенетических сосальщиков – трематод, принадлежащих к 9 семействам была показана генетическая неоднородность партеногенетического потомства – церкарий. В результате были выделены две группы с различным уровнем клонального разнообразия соответствующего разделению трематод по морфологическому типу партенит на группы спороцистоидных и редиоидных.
2. С помощью RAPD-PCR при использовании четырех случайных праймеров получены оценки генетического разнообразия в 12 популяциях и 7 линиях отечественных пород карпа (Cyprinus carpio L.): ангелинского чешуйчатого и зеркального, ропшинского (линия ВВ, линия ММ), черепетского чешуйчатого и рамчатого, ставропольского, алтайского зеркального (приобская и чумышская популяции, популяция дикого алтайского карпа), а также в выборках амурского сазана и европейского венгерского карпа (N=87). На дендрограмме генетических различий все представители изученных пород объединились в два кластера, в один из которых вошли венгерский и ангелинские карпы, все три выборки алтайского карпа. Второй кластер включил группу представителей черепетских карпов, ставропольского и ропшинского карпа, а также отличающаяся от них группа амурского сазана. Полученная дифференциация подтверждается и при анализе дисперсии полиморфных маркеров методом главных компонент. На основе данных мультилокусного геномного анализа впервые показано, что в бассейне реки Дон тетраплоидная форма щиповок рода Cobitis представлена одним клоном, тогда как в бассейне реки Москвы наряду с клонально размножающимися однополыми щиповками существуют de novo двуполые тетраплоидные формы.
3. Сопоставление полиморфизма контрольного региона мтДНК, а также генов cox1, cox2, cox3 в различных популяциях плотвы (Rutilus rutilus) и леща (Abramis brama) из водоемов России использовалось для выявления и оценки внутри- и межвидовой дивергенции. Средняя внутривидовая изменчивость составляет 4.6% для леща, 6,2% для плотвы и 0.1-1.2% для карпа и сазана. Вариации доли полиморфных сайтов не превышали 2%, но были у плотвы несколько выше, чем у леща и карпа с сазаном. Средний уровень межвидовых различий плотвы и леща составил 9%.
4. С помощью клонированиея и секвенирования ДНК установлена молекулярная структура аллельных вариантов микросателлитных локусов Du 281, Du 215 и Du 323 у партеновидов D. unisexualis, D. dahli, и D. armeniaca, а также двуполых видов D. valentini and D. raddei. Показано, что аллельные варианты этих локусов различаются по размеру и структуре микросателлитных (GATA)n кластеров, а также точковыми мутациями в прилежащих к микросателлиту ДНК. С помощью монолокусного ПЦР обнаружены две семьи D. unisexualis с мутантными потомками по Du 281. Показано, что de novo мутации у партеногенетических потомков - это делеции мономерного звена микросателита, возникающие, вероятно, в результате ошибок при репликации ДНК. Полученные рузультаты являются первым прямым доказательством того, что мутации вносят существенный вклад в геномное разнообразие популяций клонально размножающихся позвоночных.
5. Амплифицированы, клонированы и секвенированы фрагменты рМГС человекообразных обезьян Pan troglodytes, Gorilla gorilla и Pongo pygmaeus., размером около 2 т.п.н., непосредственно предшествующие точке начала транскрипции рРНК. Выравнивание вновь полученных нуклеотидных последовательностей высших приматов с ортологичной областью человека показало, чередование консервативных и изменчивых участков имеющих, вероятно, разную функциональную значимость.
6. Расшифрована структура рибосомного внутреннего транскрибируемого спейсера 2 (ВТС2) у 15 видов ящериц, принадлежащих к трем подотрядам (Scincomorpha, Varanidae и Iguania) отряда Squamata. Нуклеотидные последовательности ВТС2 рептилий содержат как короткие консервативные области, общие для всех позвоночных, так и шпилечные участки, характерные только для ящериц. Большие различия в размерах ВТС2 у разных видов ящериц объясняется возникновением у общего предка дупликации.
7. Впервые в России было проведено обследование КРС на наличие инфекции, вызываемой вирусом бычьего иммунодефицита. Вирус иммунодефицита, обнаруженный в исследованных хозяйствах, отличался по гену pol от референтного штамма R-29. Применение ПЦР с подобранной парой праймеров к гену gag выявило в трех хозяйствах наличие инфекции у 11,44% и 67% животных. В этих же хозяйствах обнаружен высокий уровень инфекции, вызванной вирусом бычьего лейкоза.
Полученные результаты дают новую важную информацию по структуре и генетической изменчивости ряда локусов ядерного и митохондриального генома у паразитических червей, различных видов ящериц, приматов и рыб. Они могут найти применение в индивидуальной, популяционной и видовой идентификации изученных объектов, генодиагностики инфекций у крупного рогатого скота.
Развернуть

Программа

Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы"

Программное мероприятие

1.2 Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований и создание научно-технического задела по технологиям в области наук о жизни
Тема
Работы по проведению проблемно-ориентированных поисковых исследований и созданию научно-технического задела в области живых систем по критической технологии «Биомедицинские и ветеринарные технологии жизнеобеспечения и защиты человека и животных» (мероприятие 1.2. Программы).
Продолжительность работ
2007, 5 мес.
Бюджетные средства
18 млн
Количество заявок
40
Тема
Работы по проведению проблемно-ориентированных поисковых исследований и созданию научно-технического задела в области живых систем по критической технологии «Биомедицинские и ветеринарные технологии жизнеобеспечения и защиты человека и животных» (мероприятие 1.2 Программы)
Продолжительность работ
2007 - 2008, 18 мес.
Бюджетные средства
70,4 млн
Количество заявок
21
Тема
Работы по проведению 2-ой очереди проблемно-ориентированных поисковых исследований и созданию научно-технического задела в области живых систем по критической технологии «Биомедицинские и ветеринарные технологии жизнеобеспечения и защиты человека и животных» (мероприятие 1.2 Программы)
Продолжительность работ
2007 - 2008, 18 мес.
Бюджетные средства
70,4 млн
Количество заявок
70
Тема
Работы по проведению проблемно-ориентированных поисковых исследований и созданию научно-технического задела в области живых систем по критической технологии «Клеточные технологии» (мероприятие 1.2. Программы).
Продолжительность работ
2007, 5 мес.
Бюджетные средства
15,6 млн
Количество заявок
16
Тема
Работы по проведению проблемно-ориентированных поисковых исследований и созданию научно-технического задела в области живых систем по критической технологии «Технологии биоинженерии» (мероприятие 1.2. Программы).
Продолжительность работ
2007, 5 мес.
Бюджетные средства
10,8 млн
Количество заявок
14