Эксπир
Регистрация / Вход

Разработка универсальных геносенсоров для детекции общей токсичности, мутагенности и техногенных стрессов

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Проект закончен
Продолжительность работ
2007 - 2008, 14 мес.
Бюджетные средства
1,5 млн
Внебюджетные средства
1,56 млн

Информация отсутствует

Соисполнители

Организация
ИЦиГ СО РАН

Предложения

Создание медицинского препарата для лечения гепатитов, в том числе гепатита С
Тема
Создание медицинского препарата для лечения гепатитов, в том числе гепатита С
Входящий номер
6227
Организация
ФГБОУ ВО "ИрНИТУ"
Руководитель организации-инициатора
Афанасьев Александр Диамидович
Разработка новых блокаторов Р7 ионного канала вируса гепатита С и аналогичных протеинов других вирусов на основе направленного синтеза каркасных структур.
Тема
Разработка новых блокаторов Р7 ионного канала вируса гепатита С и аналогичных протеинов других вирусов на основе направленного синтеза каркасных структур.
Входящий номер
6290
Организация
ФГБОУ ВО "СамГТУ"
Руководитель организации-инициатора
Быков Дмитрий Евгеньевич
 Показать еще 30 предложений
 Скрыть другие предложения

Этапы проекта

1
01.08.2007 - 31.10.2007
1.1. Разработана структура и формат базы данных GenSensor, которая позволяет хранить информацию о генах - чуствительных к воздействию внешних факторов. Структура состоит из 6 блоков: SENSORGENE - описание генов-сенсоров; SENSORBIВ - описание литературных источников; SENSORlNDUCTOR - описание индукторов для генов чувствительности к внешним воздействиям; SENSORPROMOTER - описание промоторов генов-сенсоров; SENSORF ACTOR - описание транскрипционных факторов, регулирующих работу чувствительных генов; SENSORSIТE - описание реryляторных сайтов ДИК, взаимодействующих с транскрипционными факторами.
Разработана структура и формат базы данных ConSensor, которая описывает генетические конструкции и ВКJlЮчает следующие разделы: CONSTRUCТION - описание конструкции, включающей гены, чувствительные к внешним факторам; CONSTRUCТIONBIВ - описание
  

литературных источников; CSINDUCTOR - описание индукторов для генетических конструкций.

Базы данных GenSensor, ConSensor доступны по адресу http://wwwmgs.bionet.nsc.rulmgs/dbases/ gensensor/index.html.

1.2. В результате работы по созданию базы данных GenSensor аннотировано 189 научных публикаций. Информация об аннотированных публикациях собрана в разделе SENSORBIВ базы данных GenSensor. В результате работы по созданию базы данных ConSensor аннотированию 11 О научных публикаций. Информация об аннотированных публикациях собрана в разделе CONSTRUCТIONBIВ базы данных GenSensor.

1.3. В ходе работы в структуру базы данных были добавлены поля, содержащие ссылки на внешние базы данных SWISS-PROT, El1trez Gene. Эта модификация формата позволяет пользователю по ссылкам быстро находить информацию, которая содержится во внешних базах данных. Дополнительно бьши добавлены перекрестные ссылки на записи из других блоков баз данных. Это позволило интегрировать информацию из разных блоков созданных баз.
1.4. В ходе работы была сконструирована плазмида pRS-gfр*, которая будет использована нами как базовая для клонирования регуляторных районов различных генов Escherichia coli. На основе выявленной потенциальной регуляторноЙ последовательности гена yfiA и известной последовательности промотора гена dps, описанной в базе GenSensor, нами бьmи разработаны схемы генетических конструкций, содержащих под контролем промоторов генов dps и yfiA, ген gfp, кодирующий структуру флюоресцентного белка с укороченным временем жизниGFРvаа. 1.5. На основании этих схем были созданы генетические конструкции, содержащие промоторы генов dps и yfiA, описанных выше. Их структура бьша верифицирована секвенированием.
1.6. Подготовлен нау~шый отчет по результатам выполнения первого этапа работы.
Развернуть
2
01.11.2007 - 31.12.2007
1.1. На основе разработанных ранее генетических конструкций, содержащих под контролем промоторов генов dps и yfiA, ген gfp, кодирующий структуру флюоресцентного белка с укороченным временем жизни GFPvaa, а так же штаммов Еschercihia coli JM103 endA1, hsdR, supE, sbcB15, thi-1, strA, Δ(lac-proAB), [F’, traD36, proAB, lacIqZΔM15], были созданы рекомбинантные штаммы E.coli/pDps-gfp и E.coli/pYfi-gfp, содержащие выше описанные конструкции.
1.2. Проведено исследование влияния токсических для клетки веществ на полученные штаммы бактерий. Показано, что полученные рекомбинантные штаммы реагировали повышением флюоресценции на присутствие в среде токсических для клетки окисляющих агентов, в частности перекиси водорода.
1.3. Рекомбинантные штаммы E.coli/pDps-gfp и E.coli/pYfi-gfp, депонированы в коллекции культур микроорганизмов ФГУН ГНЦ ВБ «Вектор» под номерами B-1147 и B-1146, соответственно.
1.4. На основании проведенных патентных исследований сделано заключение, что объект исследования обладает патентной чистотой в отношении России по состоянию на 04.10.2007 г.
1.5. По итогам работы принята в печать 1 статья «Компьютерно-экспериментальный подход к созданию полифункционального геносенсора на основе промотора гена yfiA Escherichia сoli», Н. В. Тикунова, Т. М. Хлебодарова, А. В. Качко, И.Л. Степаненко, член-корр. РАН Н. А. Колчанов, Доклады академии наук, 2007, Т.417. №6. С.835-839.
1.6. По теме работы подготовлена заявка на патент («Рекомбинантная плазмидная ДНК pDfs-gfp, содержащая ген gfp под контролем промотора гена dps, и обеспечивающая продукцию флюоресцентного белка GFPvaa после добавления в среду фенола или перекиси водорода и штамм бактерий Еschercihia coli JM109 [pDps] для тестирования присутствия в среде фенола и перекиси водорода», №2007118843), которая находится в настоящее время на рассмотрении в Федеральном Институте промышленной собственности.
1.7. По теме работы ранее подготовлено свидетельство о регистрации базы данных «Геносенсорные конструкции/КонСенсор» (№ 2007620168), которое являлось одним из заделов данного проекта.
Подготовлен промежуточный научно-технический отчет по результатам выполнения второго этапа работы.
Развернуть
3
01.01.2008 - 30.06.2008
Рекомбинантные штаммы E.coli/pDps-gfp и E.coli/pYfi-gfp были протестированы на чуствительность к присутствию перекиси водорода, митомицина С и фенола.
В базу GenSensor добавлена группа генов – сенсоров тяжелых металлов, реагирующих на соли меди и цинка.
Были разработаны численные модели механизма функционирования биосенсоров E.coli/pYfi-gfp и E.coli/pDps-gfp и на их основе исследована реакция сенсорных генетических конструкций на перекись водорода, фенол и митомицин С.
Развернуть
4
01.07.2008 - 31.10.2008
В результате оценки чувствительности рекомбинантных штаммов E.coli/pDps-gfp к солям кадмия было показано, что уровень максимальной индукции флюоресценции клеток этих штаммов наблюдался при концентрации Сd2+ равной 0.125 мМ, и его значение превышало 6.1.
  На основании анализа численных моделей, описывающих функционирование промотора гена dps E.coli была предложена гипотеза о наличии двух альтернативных сайтов связывания для 2-х различных РНК-полимераз, которые, по-видимому, активируются независимо различными концентрациями кадмия.
Развернуть

Программа

Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы"

Программное мероприятие

1.2 Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований и создание научно-технического задела по технологиям в области наук о жизни
Продолжительность работ
2005, 5 мес.
Бюджетные средства
4,8 млн
Организация
ИЭФБ РАН
профинансировано
Тема
Электрохимические системы для специфической детекции микробных клеток и токсичных соединений
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
5 млн
Количество заявок
3
Тема
Биосенсорные устройства с прямой детекцией для медицинской диагностики.
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
5 млн
Количество заявок
3
Тема
Разработка регенерируемых нанопроводных биосенсоров для детекции маркеров заболеваний в сыворотке крови
Продолжительность работ
2014 - 2016, 28 мес.
Бюджетные средства
30 млн
Количество заявок
6
Тема
Разработка метода повышения устойчивости миокарда и сосудов к ишемическому и реперфузионному стрессу.
Продолжительность работ
2009 - 2010, 17 мес.
Бюджетные средства
7 млн
Количество заявок
2
Тема
Молекулярные основы патогенеза прионных и неприонных нейродегенеративных амилоидозов, разработка способов детекции амилоидов и поиска факторов, препятствующих их возникновению.
Продолжительность работ
2008 - 2009, 17 мес.
Бюджетные средства
7,8 млн
Количество заявок
1