Эксπир
Регистрация / Вход

Создание технологической платформы по высокопроизводительному сканированию генома человека с целью выявления предрасположенности к основным социально-значимым заболеваниям в популяциях, проживающих на приграничных территориях России и Казахстана

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Проект закончен
Проект
02.527.11.9018
Продолжительность работ
2007 - 2008, 12 мес.
Бюджетные средства
20 млн
Внебюджетные средства
20 млн

Проведение совместных опытно-конструкторских и/или опытно-технологических работ с иностранными научными организациями по приоритетным направлениям Программы, представляющим взаимный интерес.

Соисполнители

Организация
ООО НПФ "Литех"

Предложения

Разработка методов молекулярной диагностики и подходов к лечению социально-значимых заболеваний человека, основанных на использовании нового поколения систем ретро- и лентивирусного переноса и экспрессии генов
Тема
Разработка методов молекулярной диагностики и подходов к лечению социально-значимых заболеваний человека, основанных на использовании нового поколения систем ретро- и лентивирусного переноса и экспрессии генов
Входящий номер
6029
Организация
ИМБ РАН
Руководитель организации-инициатора
Макаров Александр Александрович
Разработка биочипа для поиска и характеристики генов, ответственных за предрасположен¬ность к сахарному диабету типа 1
Тема
Разработка биочипа для поиска и характеристики генов, ответственных за предрасположен¬ность к сахарному диабету типа 1
Входящий номер
5984
Руководитель организации-инициатора
Бебуров Михаил Юрьевич

Этапы проекта

1
26.11.2007 - 07.12.2007
-проведены уточнения в рабочей документации по проекту;
-осуществлен выбор геномных районов, используемых в дальнейшем для прямого декодирования;
-осуществлен дизайн олигонуклеотидных последовательностей для синтеза фрагментов для анализа с помощью масс спектрометрии;
-проведена подготовка к прямому декодированию нуклеиновых кислот на наносеквенаторе 454
Развернуть
2
08.12.2007 - 31.12.2007
Патентный поиск. Выбор моноэтнических групп приграничного населения. Забор биологического материала. Оптимизация условий выделения ДНК из слюны или крови человека. Выделение ДНК из экспериментальных образцов. Пробные гибридизации экспериментальной ДНК на микрочипах фирмы Иллюмина. Составление ТЗ на программное обеспечение для анализа множественных полиморфизмов.
Развернуть
3
01.01.2008 - 15.07.2008
Были проведены пробные гибридазации на микроматрицах компании Иллюмина, в ходе которых были подобраны условия проведения гибридизации ДНК и разработан метод пробоподготовки, гибридизации и анализа результатов. Разработанный метод был применен для анализа образцов ДНК из различным этнических групп. К полученным результатам было применено адаптированное программное обеспечение и показано, что образцы группируются в соответствии с этнической группой при проведении многомерного шкалирования и методом главных компонент. Были разработаны методики амплификация фрагментов для анализа с помощью масс спектрометрии и проведен их масс спектрометрический анализ. По полученной методике была составлена Программа и методика испытаний набора для анализа точечного полиморфизма. В соответствии с данной мтеодикой были проведены лабораторные испытания. Было выделение геномные районы, которые были использованы в дальнейшем для прямого декодирования. Начато прямое декодирование выбранных районов на наносеквенаторе 454 в ходе которого были выбраны оптимальные параметры реакций.
Развернуть
4
16.07.2008 - 30.09.2008
Анализ ДНК людей из изучаемых популяций проходил в двух направлениях: 1) с помощью новейших приборов, «геномных секвенаторов», было проведено частичное декодирование генома людей из состава изучаемых популяций 2) с использованием микроматриц ДНК, рассчитанных на генотипирование 370 000 однонуклеотидных полиморфизмов одного образца ДНК, были изучены частоты встречаемости различных аллелей представленных на микроматрице. На основании проведенной работы было разработано и испытано в лабораторных условиях программное обеспечение, позволяющее обрабатывать и интерпретировать данные по высокопроизводительному сканированию генома. Программное обеспечение является частью создаваемой технологической платформы по по высокопроизводительному сканированию генома человека с целью выявления предрасположенности к основным социально-значимым заболеваниям в популяциях, проживающих на приграничных территориях России и Казахстана. На отчетном этапе была разработана Программа и методика предварительных испытаний и проведены предварительные испытания технологической платформы.
Для оценки распространенности анализируемых полиморфизмов была выбрана популяционная группа, представленная смешанным населением России и Казахстана в возрастном интервале 45 - 69 лет. Работы по формированию казахской популяционной группы, сбору биоматериала в Казахстане, выделению ДНК, подготовке реакций минисеквенирования, проведения масс-спектрометрического анализа были выполнены Казахстанскими партнерами в Национальном Центре Биотехнологии Республики Казахстан. В части проведения НИР на данном этапе госконтракта были проанализированы полиморфизмы, влияющие на генетическую предрасположенность к онкологическим заболеваниям. Наибольшая информативность была показана для полиморфизмов промоторной области гена IL-10 и полиморфизма Т-251А гена IL-8.
В группе полиморфизмов, влияющих на предрасположенность к сердечно-сосудистым заболеваниям, наиболее информативными были вариации в генах LIPC, LPL и АРОЕ, которые обуславливают атерогенные изменения липидного спектра.
Развернуть
5
01.10.2008 - 30.11.2008
- проведены приемочные испытания платформы по ассоциативным и этническим анализам.
Развернуть

Программа

Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы"

Программное мероприятие

2.7 Проведение опытно-конструкторских и опытно-технологических работ по тематике, предлагаемой бизнес-сообществом
Продолжительность работ
2007 - 2008, 12 мес.
Бюджетные средства
20 млн
Организация
МИЭТ
профинансировано
Тема
Проведение опытно-конструкторских и опытно-технологических работ совместно с иностранными научными организациями Казахстана по приоритетным направлениям Программы.
Продолжительность работ
2007 - 2008, 13 мес.
Бюджетные средства
20 млн
Количество заявок
4
Тема
Проведение опытно-конструкторских и опытно-технологических работ совместно с иностранными научными организациями по приоритетному направлению «Энергетика и энергосбережение» Программы.
Продолжительность работ
2007 - 2008, 13 мес.
Бюджетные средства
20 млн
Количество заявок
0
Тема
Проведение опытно-конструкторских и опытно-технологических работ совместно с иностранными научными организациями Италии по приоритетным направлениям Программы
Продолжительность работ
2007 - 2008, 12 мес.
Бюджетные средства
20 млн
Количество заявок
5
Тема
Проведение опытно-конструкторских и опытно-технологических работ совместно с иностранными научными организациями стран Евроазиатского экономического союза по приоритетным направлениям Программы
Продолжительность работ
2007 - 2008, 12 мес.
Бюджетные средства
20 млн
Количество заявок
5
Тема
Проведение опытно-конструкторских и опытно-технологических работ совместно с иностранными научными организациями Чехии по приоритетным направлениям Программы
Продолжительность работ
2007 - 2008, 12 мес.
Бюджетные средства
20 млн
Количество заявок
3