Эксπир
Регистрация / Вход

Разработка эпигеномных и метаболомных сигнатур в стуле и крови для ранней диагностики рака прямой кишки.

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Проект закончен
Проект
14.604.21.0101
Досье недоступно
Организация
ИХБФМ СО РАН
Руководитель работ
Кель Александр Эдуардович
Продолжительность работ
2014 - 2018, 46 мес.
Бюджетные средства
14,8 млн
Внебюджетные средства
5 млн

Разработать маркеры заболеваний и их диагностически-значимых комбинации (сигнатуры), включающие естественные антитела, гликопротеины и/или метаболиты

Участники проекта

Зам. руководителя работ
Ширшова Арина Николаевна

Этапы проекта

1
05.08.2014 - 31.12.2014
Проведен анализ литературных данных, который выявил следующие генетические биомаркеры рака прямой кишки: микросателлитная и хромосомная нестабильность часто являются причиной онкогенной трансформации клеток при раке толстой кишки. Описаны варианты, инактивации генов APC, TP53, SMAD4, генов мис-матч репарации и т.д. при спорадической форме рака прямой кишки. Сформулированы критерии эффективного скринингового онкомаркера: высокая чувствительность и специфичность (более 75% и 90%, соответственно), высокая концентрация онкомаркера в биологическом образце на ранних стадиях рака, высокая стабильность молекулы. Для интерпретации результатов измерения онкомаркера должны быть определены его дискриминационный уровень и границы «серой зоны» маркера. Разработан дизайн исследования, в котором применяется подход статистической корреляции без объяснения связи биомаркеа с молекулярными механизмами заболевания. Сформирован список потенциальных биомаркеров РПК, включающий более 250 потенциальных маркеров, включенных в дальнейшее исследование. Отработана схема взаимодействий в рамках научного сотрудничества с Алтайским филиалом РОНЦ им. Н.Н. Блохина РАМН, Новокузнецким клиническим онкологическим диспансером и Городской клинической больницей № 1 г. Новосибирск.
Развернуть
2
01.01.2015 - 30.06.2015
Компьютерный анализ ChIP-seq данных полногеномного сканирования соматических
модификаций хроматина (300 образцов клинического материала опухолей
прямой кишки).
  Выявление статистически значимых модификации хроматина, скоррелированных со стадиями и механизмами развития рака прямой кишки.
Выявление статистически значимых модификации геномной ДНК, скоррелированных со стадиями и механизмами развития рака прямой кишки.
  Проведение работ по достижению показателей результативности проекта.
  Подведение итогов этапа ПНИ.
Развернуть
3
01.07.2015 - 31.12.2015
Выявлены потенциальные маркеры рака прямой кишки, скоррелированные со стадиями заболевания и механизмами патогенеза: участки метилирования ДНК и гены, подверженные модификациям в виде делеций и вставок. Всего выявлено 118 гипер- и гипометилированных участков ДНК и 104 часто модифицируемых гена, удовлетворяющих критерию p-value < 0.05. Проведен компьютерный анализ причинно-следственных взаимосвязей между полученными маркерами и выявленными предположительными молекулярными механизмами и ключевыми молекулярными нарушениями, лежащими в основе наблюдаемых изменений в геноме и скоррелированными с ранними стадиями рака прямой кишки. Разработан первичный набор маркеров (не менее 200 маркеров), связанный с выявленными механизмами и дающих максимально робастное предсказание ранних стадий рака прямой кишки.
Развернуть
4
01.01.2016 - 30.06.2016
Определены маркеры, обнаруживаемые в плазме периферической крови в количестве значимо большем (или меньшем) у пациентов с раком прямой кишки (РПК) по сравнению с контрольными пациентами. Определены численные значения для всех маркеров в норме и при раке прямой кишки.
Развернуть
5
01.07.2016 - 31.12.2016
Создан «вторичный набор» из 20-ти маркеров (9-ти маркеров ДНК метилирования, 7-ти маркеров микроРНК и 4 длинных не-кодирующих РНК). Разработан и изготовлен макет тест-системы на основе выбранных сигнатур. Разработан проект Технического Задания на проведение ОКР по теме: «Разработка тест- системы для ранней диагностики рака прямой кишки». Разработан и изготовлен макет тест-системы на основе сигнатур.
Развернуть
6
01.01.2017 - 30.06.2018
Проведены мероприятия в целях выполнения требований по достижению значений показателей результативности предоставления субсидии
Развернуть

Программа

Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы"

Программное мероприятие

1.2 Проведение прикладных научных исследований для развития отраслей экономики
Продолжительность работ
2014 - 2016, 28 мес.
Бюджетные средства
17,8 млн
профинансировано
Тема
Разработка молекулярных сигнатур для выявления заболеваний на ранних стадиях
Продолжительность работ
2014 - 2016, 28 мес.
Бюджетные средства
72 млн
Количество заявок
11
Тема
Разработка тест-системы для ранней диагностики осложненного течения беременности на основе анализа сыворотки крови с использованием метаболомных технологий.
Продолжительность работ
2011 - 2012, 18 мес.
Бюджетные средства
14 млн
Количество заявок
2
Тема
Разработка технологии и создание опытных образцов приборов и диагностических наборов для ранней диагностики иммунозависимых заболеваний
Продолжительность работ
2007 - 2008, 17 мес.
Бюджетные средства
100 млн
Количество заявок
2
Тема
Создание программного обеспечения для выявления белков – диагностических маркеров патологических процессов
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
5,5 млн
Количество заявок
2
Тема
Разработка регенерируемых нанопроводных биосенсоров для детекции маркеров заболеваний в сыворотке крови
Продолжительность работ
2014 - 2016, 28 мес.
Бюджетные средства
30 млн
Количество заявок
6