Эксπир
Регистрация / Вход

Разработка технологии высокочувствительной ранней диагностики бактериальных патогенов и на основе амплификации мишень-направленных ДНК-аптамеров

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Проект закончен
Проект
16.512.11.2109
Организация
ФБУН ГНЦ ПМБ
Руководитель работ
Шемякин Игорь Георгиевич
Продолжительность работ
2011 - 2012, 21 мес.
Бюджетные средства
5 млн
Внебюджетные средства
1 млн

Разработать методы, основанные на выявлении геномной ДНК, с целью создания диагностических тест-систем, предназначенных для идентификации и анализа [патогенности, лекарственной устойчивости] бактерий.

Участники проекта

Зам. руководителя работ
Козырь Арина Владимировна

Этапы проекта

1
28.02.2011 - 15.06.2011
Проведен дизайн и синтез олигонуклеотидов для создания экспрессионных конструктов, используемых в рамках проекта. Получена культура E. coli O157:H7, протестированная по основным маркерам данного патогенна. Составлен паспорт на образец E. coli O157:H7. Разработана лабораторная методика определения концентрации E. coli O157:H7. Отработана методика тестирования активности металло-бета-лактамазы с целью дальнейшей проверки каталитической активности и корректности фолдинга полученной мишени. Разработаны лабораторная методика определения концентрации и лабораторная методика определения активности металло-бета лактамазы «New Delhi».
Развернуть
2
16.06.2011 - 05.12.2011
Разработан прототип методических решений для реализации результатов теоретических исследований. Разработана система получения сигнала и контроля сигнала, системы валидации специфичности и определения аффинности аптамеров. Разработана методика синтеза, характеризации, валидации и очистки бета-лактамазы «New Deli». Смоделирован объект исследований. Проведена наработка и валидация экспериментального образца бета-лактамазы «New Deli». Реализованы прототипы методических решений, в том числе: разработка композиции мишеней для проведения SELEX; разработка требований к способу получения, количеству контрольных и испытуемых проб – штамму E. coli и металло-бета-лактамазе; разработка плана экспериментов по определению чувствительности метода детекции с применением иаПЦР; разработка типовых форм документирования экспериментов.
Развернуть
3
01.01.2012 - 15.06.2012
Изучены параметры связывания (константы ассоциации-диссоциации) аптамеров с мишенями, а также индивидуальности сайтов взаимодействия различных полученных аптамеров с мишенью. Получены кандидатные индивидуальные аптамеры. Определена первичная структура полученных кандидатных аптамеров. Проведены предварительные эксперименты по детекции указанных мишеней методом иммуно-аптамерного ПЦР. Выполнены оценка и анализ специфичности полученных аптамеров к целевым мишеням с использованием панелей энтеропатогенных и других модельных микроорганизмов, а также панелей рекомбинантных белков. Проведен анализ последовательностей и вторичной структуры полученных аптамеров, определены консервативные мотивы, потенциально участвующие в связывании с мишенями. Оформлены лабораторный регламент на производство тест-систем и инструкция по их применению.
Развернуть
4
16.06.2012 - 15.11.2012
Проведены лабораторные испытания экспериментальных образцов тест-систем на основе иаПЦР (иммуноаптамерной полимеразной цепной реакции) с использованием образцов, содержащих модельные патогены; определены пределы чувствительности для детекции целых бактерий и секретируемых белковых мишеней, выполнен сравнительный анализ чувствительности и специфичности прямого и непрямого метода детекции; выполнена оценка экспрессности проведения диагностики. Проведены обобщение и оценка полученных результатов, в том числе: выполнена оценка эффективности полученных результатов в сравнении с разработанными на момент обобщения результатов другими исследователями методов специфической детекции мишеней в составе бактерий-патогенов; проведен анализ выполнения требований технического задания на НИР; выполнена оценка полноты решения задач и достижения поставленных целей НИР. Разработаны рекомендации по использованию результатов проведенной НИР в реальном секторе экономики, а также в дальнейших исследованиях и разработках, в том числе: проведена технико-экономическая оценка рыночного потенциала полученных результатов, разработаны методические рекомендации по применению диагностической тест-системы с целью высокочувствительной детекции E. coli O157?H7 и бета-лактамазы «New Delhi». Разработан проект технического задания для проведения последующей НИР.
Развернуть

Программа

Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы"

Программное мероприятие

1.2 Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований и создание научно-технического задела по технологиям в области наук о жизни
Тема
Разработка методов идентификации и анализа патогенности и/или лекарственной устойчивости бактерий для создания диагностических тест-систем.
Продолжительность работ
2011 - 2012, 21 мес.
Бюджетные средства
24 млн
Количество заявок
11
Тема
Разработка тест-системы для ранней диагностики осложненного течения беременности на основе анализа сыворотки крови с использованием метаболомных технологий.
Продолжительность работ
2011 - 2012, 18 мес.
Бюджетные средства
14 млн
Количество заявок
2
Тема
Доклинические исследования лекарственного средства для профилактики и терапии гнойно-септических внутрибольничных инфекций, вызываемых условно патогенными бактериями.
Продолжительность работ
2011 - 2013, 27 мес.
Бюджетные средства
33 млн
Количество заявок
1
Тема
Проведение исследований, направленных на создание методов и наборов реагентов для идентификации личности в криминалистике и судебной медицине.
Продолжительность работ
2011 - 2012, 21 мес.
Бюджетные средства
30 млн
Количество заявок
7
Тема
Создание приборной и технологической базы для внедрения в практическое здравоохранение новых диагностических методов, основанных на принципах амплификации в реальном времени и флуоресцентной детекции.
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
120 млн
Количество заявок
8