Эксπир
Регистрация / Вход

Выявление новых ингибиторов ферментов системы репарации ДНК с использованием методов молекулярного моделирования и экспериментальная проверка их ингибиторных свойств

Стадии проекта
Предложение принято
Конкурс завершен
Проект закончен
Продолжительность работ
2011 - 2012, 15 мес.
Бюджетные средства
5,2 млн
Внебюджетные средства
0,78 млн

При помощи экспериментального и компьютерного скрининга природных соединений выявить эффективные ингибиторы ферментов репарации ДНК, провести синтез веществ и in vitro испытания их ингибиторных свойств.

Участники проекта

Зам. руководителя работ
Шаповалова Ирина Владимировна

Этапы проекта

1
12.07.2011 - 15.09.2011
Выборано направление исследований и построение моделей изучаемых ферментов репарации ДНК: проведено конструирование фермент-субстратных комплексов рассматриваемых ферментов репарации ДНК с целью определения наиболее важных взаимодействий и аминокислотных остатков в активном центре ферментов; проведен анализ структуры комплексов с целью выбора участков связывания потенциальных ингибиторов и особенностей строения активного центра ферментов; проведен биоинформатический анализ семейств ферментов репарации ДНК с целью выбора пути построения библиотек селективных ингибиторов ферментов репарации ДНК.
Развернуть
2
16.09.2011 - 15.12.2011
Создан компьютерная комбинаторная библиотека ранее неизученных потенциальных ингибиторов ферментов репарации ДНК - низкомолекулярных производных нуклеиновых оснований, аминокислот и антибиотиков. Сделано молекулярное моделирование фермент-ингибиторных комплексов и характеристика взаимодействий, определяющих эффективное связывание и локализацию ингибиторов в активном центре исследуемых ферментов репарации ДНК.
Развернуть
3
01.01.2012 - 31.07.2012
Разработаны методы синтеза и очистки отобранных соединений в качестве потенциальных ингибиторов ферментов репарации; наработаны лабораторные образцы соединений – потенциальных ингибиторов в необходимых количествах. Найдены новые ингибиторы поли(ADP-рибозо)полимераз 1 и 2 в созданных оригинальных библиотеках природных соединений при помощи разработанного метода компьютерного скрининга. Проведено молекулярное моделирование фермент-ингибиторных комплексов и охарактеризованы взаимодействия.
Развернуть
4
01.08.2012 - 31.10.2012
Уточнён механизм связывания наиболее эффективных ингибиторов с исследуемыми ферментами репарации ДНК, включая квантово-механический расчет структуры и электростатического потенциала ингибитора, молекулярно-динамическая симуляцию поведения и стабильности фермент-ингибиторного комплекса в явно заданном растворителе, биоинформатический анализ роли отдельных ферментов репарации ДНК, Разработаны рекомендации по оптимизации методов получения ингибитора, оценены перспективы дальнейшей оптимизации структуры ингибиторов в исследованном ряду производных природных соединений; подготовлен проект патентной заявки; подготовлен проект технического задания на проведение прикладной НИР. "
Развернуть

Программа

Программа "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы"

Программное мероприятие

1.2 Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований и создание научно-технического задела по технологиям в области наук о жизни
Продолжительность работ
2011 - 2012, 15 мес.
Бюджетные средства
5,5 млн
Организация
ИМБ РАН
профинансировано
Продолжительность работ
2011 - 2012, 21 мес.
Бюджетные средства
4,9 млн
Организация
ИМБ РАН
профинансировано
Тема
Создание ингибиторов ферментов репарации ДНК, усиливающих эффективность алкилирующих противопухолевых препаратов.
Продолжительность работ
2011 - 2012, 15 мес.
Бюджетные средства
24 млн
Количество заявок
5
Тема
Создание низкомолекулярных веществ ненуклеозидной природы, ингибирующих ферменты репликации ВИЧ-1.
Продолжительность работ
2011 - 2012, 21 мес.
Бюджетные средства
18 млн
Количество заявок
5
Тема
Скрининг биологически активных соединений, обладающих нейропротективными свойствами
Продолжительность работ
2014 - 2016, 28 мес.
Бюджетные средства
77,8 млн
Количество заявок
2
Тема
Рациональный дизайн промышленных ферментов, основанный на методах молекулярного моделирования
Продолжительность работ
2008 - 2011, 39 мес.
Бюджетные средства
72 млн
Количество заявок
2
Тема
Изучение новых морских природных соединений, ферментов из морских макро- и микроорганизмов и молекулярных основ иммунных процессов. на установке: "Коллекция морских микроорганизмов (КММ) (рег. № 2-2.16)"
Продолжительность работ
2005 - 2006, 23 мес.
Бюджетные средства
1 млн
Количество заявок
1